撤军；
承认车臣独立。
如何解决难题？叶氏的总方针模糊，斯特帕申拿不定主意，谈判组工作无从开展，一开始，大家认为巴萨耶夫只是要钱要人，一直围绕赎金和安全通道进行交涉，毫无谈判策略可言。俄方回复：
可支付赎金；
可提供交通工具开辟安全通道供巴萨耶夫及其部属撤离；
释放妇女、小孩、老人和重伤员。
双方陷入僵持。巴萨耶夫又要求召开新闻发布会全球直播，被斯特帕申严词拒绝。
20时，为向俄罗斯当局施压，巴萨耶夫相继枪杀了6名人质，并威胁：如再不答应召开新闻发布会的要求就再杀10人。斯特帕申只好答应。
车臣境内的恐怖分子声称在莫斯科放置了两枚大型炸·弹。俄方提高了莫斯科在内各大城市的安保等级，对重要目标增派警力、盘查过往车辆，重点关注来自高加索区域的流动人员。
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速战速决变成了僵持
16日，俄罗斯国家杜马召开会议讨论劫持事件，但仍未拿出可操作性强的指导意见。不可思议的是，在1200名人质生死未卜、全国人民最需要主心骨的时候，叶氏竟未前往布琼诺夫斯克，而是跑去加拿大参加七国集团峰会，在媒体的镜头前呼吁国际社会予以帮助。
事件的发展让越来越多的人意识到俄罗斯方面很可能会发动武力营救，叶戈罗夫在布琼诺夫斯克警察局外发表讲话表示，正在全力和巴萨耶夫谈判，不会拿无辜群众的生命冒险；车臣境内有多少恐怖分子放下武器，俄罗斯就从车臣撤出多少军人。
巴萨耶夫也没闲着。他在医院的主要通道入口布置诡雷、设置交叉火力点，同时，通过电视机里的新闻直播了解对方动态，随时准备杀人。
惊恐不安的人质挤在走廊里，周围有恐怖分子不停巡逻；缺乏食品和水，伤员得不到医疗，偶尔进去的记者会被人质当做救星；人质家属在医院外焦急等待，不断查看公示栏张贴的纸张，希望能从中得到亲人的消息……
谈判期间，阿尔法特种部队不断试图侦察医院内部情况。但是，医院前方是片开阔地，周围建筑物缺乏良好视角，恐怖分子与人质混在一起，技术和人力侦察手段效果有限，恐怖分子的兵力多寡、火力类型、阵地构筑和障碍物设置无从探知，甚至连医院主楼结构图也没有找到。
既有情报难以支撑指挥部制定完善的行动方案，突击队难以组织有针对性的临战训练。争取时间最好的方法就是拖延，不过，俄方显然没有达到目的。
17日，斯特帕申决定实施强攻。
5时30分，战斗打响，阿尔法担任主攻，其他军警部队负责协助。医院车库、食堂、急诊楼等主楼周边建筑逐渐被俄罗斯军警控制，并营救出近百名人质。
作战环境是大型医院建筑群，建筑物内布置有诡雷和交叉火力点。进攻主楼时，俄军遇到了难题。巴萨耶夫在主楼前的开阔地布置有交叉火力，更重要的是，俄进攻部队隶属于不同单位——有隶属俄罗斯联邦的军队、内务部机动部队和安全局阿尔法特种部队，还有隶属斯塔夫罗波尔边疆区和布琼诺夫斯克市的地区警备力量，相互之间缺乏有效协同。
突击队先后发起3次进攻，但战果有限。阿尔法在通过医院主楼开阔地时，因为指挥出现问题、步坦协同不到位，遭遇恐怖分子交叉火力压制，造成本不应有的伤亡。
事后，巴萨耶夫曾如此评价参与营救作战的俄罗斯军警：“他们是一群被平庸之辈领导的英勇战士”。
于是，速战速决的强攻变成了武力营救中指挥员最不愿看到的僵持。
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挟人肉盾牌，他们嚣张撤离
经过短暂调整，俄方调派装甲车直接炮击医院主楼，阿尔法趁机攻入主楼底层，营救出几十名人质。
巴萨耶夫见状，强行将人质押至窗前充当人肉盾牌，并下令屠杀人质。
斯特帕申认为再打下去会更加不可控——届时，即便全部消灭恐怖分子，也会造成大量人质死亡，没法向老百姓和国际社会交代。他下令停止进攻。
9时，战斗结束。14名恐怖分子被打死，11名俄罗斯军警人员阵亡（其中包括3名阿尔法队员），交战中人质因误伤、流弹、屠杀等伤亡超过百名。
经过谈判，俄方不再进攻，巴萨耶夫释放154名妇女和儿童。
事态恶化到如此地步，安全局局长显然应付不了。
18日清晨，时任俄罗斯总理切尔诺梅尔金通过专线电话与巴萨耶夫谈判。巴萨耶夫的要求基本没变：
俄军停止在车臣的军事行动并撤军；
启动俄罗斯与车臣的和平谈判；
提供交通工具并开辟安全通道保证其及部属撤离。
经过十几个小时的拉锯式交涉，切尔诺梅尔金最终妥协，于当日20时35分公开发表声明：
俄军自1995年6月19日5时起
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